MD5 и SHA-256 — обе хеш-функции, сводящие данные к отпечатку фиксированной длины, но назначение у них разное. MD5 с его 128 битами быстр, но коллизии можно создать искусственно, поэтому для задач безопасности он выведен из употребления. SHA-256 с его 256 битами — надёжный стандарт, для которого до сих пор не известно практичных атак.
Если нужно лишь проверить, что файл случайно повредился, или быстро определить дубликаты данных для ключей кеша, достаточно MD5 или CRC32. Они быстро вычисляются, а короткий результат удобно использовать.
Но как только в дело вступает безопасность — цифровые подписи, сертификаты, хранение паролей, целостность токенов — обязательно нужно применять SHA-256 или сильнее. Если атакующий сможет создать поддельные данные с тем же хешем, сама проверка теряет смысл.
Итого базовый принцип таков: для быстрой проверки целостности — MD5, если нужна безопасность — SHA-256. Когда нет уверенности, безопаснее выбрать SHA-256. AG HASH показывает оба значения одновременно, поэтому вы можете выбрать подходящее под ситуацию.